João Rego a gravi les échelons des catégories Initiés, Juniors, U-23 et Équipe B en portant le Manteau Sacré. Lors de la saison 2021/22, il a remporté le titre de Champion National Juniors.
Le 12 mai 2024, lors d'un match de la 33e journée du Championnat National contre Arouca, au Estádio da Luz, João Rego a fait ses débuts avec l'équipe première du Benfica à l'âge de 18 ans.
Le milieu offensif a été sélectionné dans les équipes nationales de jeunes du Portugal aux niveaux U-17, U-18, U-19 et U-20.
