Né à Thessalonique, Vangelis Pavlidis a fait ses premiers pas avec le ballon au Bebides 2000 FA, une académie de football renommée dans la ville grecque, où il a évolué entre 2004 et 2014. Les qualités du jeune attaquant ont attiré l'attention du Bochum, un club allemand qui l’a recruté et intégré dans son équipe U-17.
Il a également joué quatre matchs avec l’équipe première du Bochum avant d’être prêté au Borussia Dortmund (où il a fait partie de l’équipe B pendant un an et demi, de l’été 2017 à la fin de 2018) et au Willem II.
Sûr de la valeur de l'attaquant, le Willem II l’a signé définitivement. Ses bonnes performances l’ont conduit à sa première sélection en équipe nationale grecque : sa première convocation a eu lieu le 5 septembre 2019. Après deux saisons et demie productives (33 buts en 82 matchs) à Willem II, il a rejoint le AZ.
Au service du club d'Alkmaar, entre les saisons 2021/22 et 2023/24, Pavlidis a été un titulaire indiscutable et a marqué 80 buts en 137 apparitions, se distinguant également par 25 passes décisives. Lors de la saison 2023/24, l'attaquant a inscrit 29 buts en Eredivisie et est devenu le meilleur buteur de la compétition, à égalité avec Luuk de Jong (PSV).
