Manu Silva iniciou o seu trajeto formativo no União de Lamas, onde, em 2009/10, integrou a equipa Sub-9, permanecendo no clube durante três temporadas.
O médio transferiu-se posteriormente para o Feirense, percorreu os vários escalões de formação, e estreou-se na primeira equipa do emblema de Santa Maria da Feira em 17 de abril de 2021, num embate frente ao Varzim, na Liga 2. Manu manteve-se no Feirense até janeiro de 2023, altura em que foi recrutado pelo Vitória SC. O primeiro jogo oficial do médio no Campeonato Nacional data de 14 de abril de 2023.
Manu afirmou-se definitivamente na equipa do Vitória SC em 2023/24, perfazendo cerca de 2200 minutos entre Campeonato Nacional, Taça de Portugal, Taça da Liga e Liga Conferência, e marcou dois golos. Na temporada 2024/25, até à data da transferência para o Benfica (20 de janeiro), disputou 28 jogos – repartidos por Campeonato, Taça de Portugal, Taça da Liga e Liga Conferência –, e rubricou quatro golos. Efetuou um total de 58 jogos e 6 golos ao serviço da equipa A do Vitória SC.
