Jan-Niklas Beste ingressou nas camadas jovens do Borússia Dortmund em 2007 e estreou-se na equipa principal a 12 de agosto de 2017. Na temporada seguinte (2018/19), o defesa-esquerdo foi contratado pelo Werder Bremen, que o manteve cedido ao Emmen (2019/20) e ao Jahn Regensburg (2020/21 e 2021/22).
No verão de 2022, Beste foi contratado pelo FC Heidenheim e, em duas épocas, marcou 20 golos e fez 27 assistências, ajudando o clube a subir à Bundesliga (2022/23) e a alcançar o 8.º lugar entre a elite do futebol alemão, além de um histórico apuramento para o play-off da Conference League, em 2023/24.
Beste somou 30 internacionalizações divididas pelos Sub-16, Sub-17, Sub-19 e Sub-20 da Alemanha e já foi convocado para a seleção principal, pela qual ainda não se tinha estreado quando chegou ao Benfica.
