João Rego percorreu os escalões de Iniciados, Juvenis, Juniores, Sub-23 e Equipa B com o Manto Sagrado. Em 2021/22, conquistou o título de Campeão Nacional de Juniores.
A 12 de maio de 2024, num embate da 33.ª jornada do Campeonato Nacional, contra o Arouca, no Estádio da Luz, João Rego estreou-se pela equipa A do Benfica, com 18 anos.
O médio atacante soma internacionalizações pelas seleções nacionais jovens de Sub-17, Sub-18, Sub-19 e Sub-20.