Nascido em Salonica, Vangelis Pavlidis deu os primeiros toques na bola no Bebides 2000 FA, uma famosa academia de futebol da cidade grega, na qual evoluiu entre 2004 e 2014. As qualidades do jovem avançado chamaram a atenção do Bochum, clube alemão que o contratou e o integrou na sua equipa Sub-17.
Ainda participou em quatro partidas pela equipa principal do Bochum antes de rumar, por empréstimos, ao Borússia Dortmund (onde foi integrado na equipa B, durante um ano e meio, entre o verão de 2017 e o final de 2018) e ao Willem II.
Seguro do valor do avançado, o Willem II contratou-o em definitivo. As boas exibições de Pavlidis conduziram-no à estreia na seleção da Grécia: a primeira internacionalização ocorreu em 5 de setembro de 2019. Após duas épocas e meia produtivas (33 golos em 82 jogos) no Willem II, transferiu-se para o AZ.
Ao serviço do emblema de Alkmaar, entre as temporadas de 2021/22 e 2023/24, Pavlidis teve o estatuto de titular indiscutível e marcou 80 golos divididos por 137 jogos, destacando-se, também, pelas 25 assistências. Na época 2023/24, o avançado apontou 29 golos na Eredivisie e sagrou-se o melhor marcador da prova, ao lado de Luuk de Jong (PSV).
