João Rego pasó por las categorías de Iniciados, Juveniles, Juniors, Sub-23 y Equipo B con el Manto Sagrado. En la temporada 2021/22, ganó el título de Campeón Nacional de Juniors.
El 12 de mayo de 2024, en un partido de la 33.ª jornada del Campeonato Nacional contra el Arouca, en el Estádio da Luz, João Rego debutó con el primer equipo del Benfica a los 18 años.
El centrocampista ofensivo ha sido internacional con las selecciones juveniles de Portugal en las categorías Sub-17, Sub-18, Sub-19 y Sub-20.
