Nacido en Salónica, Vangelis Pavlidis dio sus primeros toques en el balón en el Bebides 2000 FA, una famosa academia de fútbol de la ciudad griega, donde jugó entre 2004 y 2014. Las cualidades del joven delantero llamaron la atención del Bochum, el club alemán que lo fichó e integró en su equipo Sub-17.
También participó en cuatro partidos con el primer equipo del Bochum antes de ser cedido al Borussia Dortmund (donde fue parte del equipo B, durante un año y medio, desde el verano de 2017 hasta finales de 2018) y al Willem II.
Seguro del valor del delantero, el Willem II lo contrató de manera definitiva. Sus buenas actuaciones le llevaron a su debut en la selección de Grecia: la primera convocatoria internacional fue el 5 de septiembre de 2019. Después de dos temporadas y media productivas (33 goles en 82 partidos) en el Willem II, se trasladó al AZ.
Al servicio del club de Alkmaar, entre las temporadas 2021/22 y 2023/24, Pavlidis fue un titular indiscutible y marcó 80 goles en 137 partidos, destacando también con 25 asistencias. En la temporada 2023/24, el delantero anotó 29 goles en la Eredivisie y se proclamó el máximo goleador de la competición, junto a Luuk de Jong (PSV).
